永历十二年春正月，为了笼络东南，永历帝在定国的建议下，遣使册封延平郡王郑成功为招讨大将军，赐尚方剑便宜行事，其部将王秀奇为祥符伯、马信为建威伯，另封原鲁王政权兵部右侍郎张煌言为兵部左侍郎兼翰林院学士。
由于目前云、贵、川各级文武官员中，大多都是秦藩旧部，各处汛守当初也皆由孙可望所设，若想要出兵抗清就必须先行稳固内部。然而此事牵涉太广，牵一发而动全身，稍有不慎势必会削弱永历政权的稳定。
这些人在多年治理地方或是行军作战中都表现出了不错的才干，积累了丰富经验，一时半会儿间根本找不到那么多人替换。可如果不加撤换，随着孙可望降清，这些人又都是潜在的威胁，一旦清军来犯，保不准他们会不会在孙可望的劝说下临阵哗变。
在两难的抉择下，定国决定采用折中的办法，并没有展开大面积整顿，只是将部分与孙可望较为亲近的十几名文武官员给控制了起来，并将各营诸将按照军功大小重新配属部队，打乱了原先的指挥系统，又将原秦藩旧部称为“新军”，自己旧部称为“旧军”，予以分别对待。
定国此举尽管是非常时期的非常办法，但却对抗清大局缺乏全面考虑，将注意力过多放在了巩固自己在朝廷中的地位上，更是犯了临阵易将的兵家大忌，严重削弱了前线的指挥部署，引起原秦藩旧部的严重不满。
当初文秀在贵州时，对局势有着清醒的判断，他积极收拢那些溃散的原秦藩兵将，从中挑选出三万精锐，加以改编训练，用以防守前线各处隘口。正是由于文秀的豁达大度，尽管孙可望叛逃，但最终跟随他降清的不过只有五百余人，且没有一个重要将领。
由此可以看出这些原秦藩将士还是忠于大明的，本不应当心存畛域，区别对待。可定国却在处理这件事上矫枉过正，缺乏广阔的胸怀，从而导致原秦藩诸将士心灰意冷，士气更是跌落至谷底。
此时的滇都城春意盎然，似乎已经完全恢复了往日里的太平景象。待至元宵佳节，全城内外张灯结彩，花炮声声，仿佛使人感受到了冬去春来的温暖。可任凭是谁也不会想到，这居然会是永历帝在滇都度过的最后一个新春佳节，也是他此生度过的最后一段安稳岁月。
就在举城欢庆的时候，却有郎官金简、光禄少卿高绩联名上疏弹劾定国。
疏曰：“今内难虽除，外忧方大，伺我者顿刃以待两虎之毙，而我酣歌漏舟之中，熟寝积薪之上，能旦夕安耶？二王老于兵事，何泄泄若此。”
定国闻讯大怒，当即来到行宫面见永历帝，愤愤不平地自白道：“皇上，据长沙回来的细作禀报，洪承畴年老昏聩，目不能视，已是风烛残年，鞑子皇帝已然允准裁撤五省经略行辕及长沙幕府，命其即刻启程，回京养老。其后继无人，清军更是群龙无首，又如何攻我？况且云贵川之地地形险要，山川阻隔，即便清军出兵也当选在孙逆叛乱之时，如今叛乱已定，人心归附，此时来攻岂不是自寻死路？金、高二人不思为国分忧，却妄言军事，扰乱圣听，该当严加治罪！请皇上圣断！”
永历帝耐心地听定国把气撒完，然后好言劝慰了一番，这才将金简、高绩二人召入宫中，想让他们当面向定国认个错。没想到二人在定国面前依旧言辞激烈，斥责定国尽撤原秦藩之兵回滇整顿实乃本末倒置，此举必将造成前线空虚，清军长驱直入的严重后果。
定国没等二人说完，忍不住勃然大怒道：“汝等不过区区官职，从未领兵上阵，岂能如此大放厥词？臣请皇上即刻下旨将此二人一并处斩，以儆效尤！”
永历帝知道定国不比孙可望，刚刚所说不过是气话罢了，于是连忙替二人求情道：“晋王莫要动怒，念此二人也是一心为国的份上，不如就饶过他们这一回，发往军前效用，将功折罪，卿以为如何？”
定国在发了一通脾气后，怒气稍平，又见永历帝亲自开口相求，自己也不好再坚持已见，遂点头言道：“既然皇上都这么说了，微臣又岂敢自专？然而死罪可免，活罪难逃，今日若不加以杖责警示，将来不免再犯！”
在定国的坚持下，永历帝犹豫再三，正打算点头答应，谁知就在这时清廷以三十万满汉大军，裹半月粮，自楚、桂、蜀三道攻黔的军情急报陡然而至。
永历帝看过军报，脸色瞬间变得惨白，忙不迭地让身旁太监将军报递至定国手中，然后慌乱地问道：“清军兵分三路大举来犯，而今蜀王抱病，兵饷紧缺，却当如何御敌？”
定国看完军报也是一惊，大敌当前，他也顾不上再与金简、高绩二人计较了，于是挥手示意二人退下，旋即对着永历帝慨然言道：“皇上毋忧，兵来将挡水来土掩，只须依托云贵地区险要地势，定能让清军有来无回！”
在定国的安慰下，永历帝总算恢复了镇静，当即下旨召集诸臣入宫，共同商议应对之策。
且说洪承畴将从孙可望随降人员中挑选出的十九名熟悉湖南、四川、云南、贵州、广西地理者分拨给三路清军，作为向导。
其中北路以平西大将军吴三桂，率都统墨尔根、李国翰，由汉中向四川开进；中路以宁南靖寇大将军洛托、五省经略洪承畴统领，自湖南开进；南路以征南将军卓布泰、提督线国安，从广西开进，三路大军齐头并进，合击贵州。