听说明军放弃衡州府，退往了永州，屯齐满脸的不可思议，以为有诈，未敢轻举妄动，直到派出的斥候陆续回来，反复确认明军的确是撤走了，他方才小心翼翼地带着八旗军又重新占据了那些无兵防守的城池。
随着清军进抵衡州，秦王府的驾前军及冯双礼、马进忠两部驻扎于辰州、宝庆一线，李定国部则在永州休整。至此，永历六年这场轰轰烈烈的大反攻正式宣告结束，尽管一开始明军声势浩大，席卷西南，但最终在刘文秀的骄傲自大和孙可望的从中作梗下最终仅仅只收复了广西的浔州、南宁、柳州三府，以及湖南的宝庆、永州、辰州和靖州这一小块地盘。
而就在定国在外与清军鏖战的时候，孙可望也趁机架空了永历朝廷，将一切军国大事尽归秦王府。
孙可望在贵阳自设内阁六部官，任命原吏部侍郎雷跃龙为宰相，贵州总督范鉱为吏部尚书，御史任僎为礼部尚书，四川总督任源为兵部尚书，御史张重任为六科都给事，礼部主事方于宣为翰林院编修。一切文武官员，皆署“秦”衔，同时新铸八叠印，取代旧印。凡川黔两省文武官员必须定期前来贵阳朝见，若有不从者，尽诛之。
与此同时，蜷居于安龙的永历小朝廷党争又起，一派大臣拥护永历帝，是为帝党，一派大臣依附孙可望，是为秦党。
就连永历帝身边的宠臣马吉翔也为了自身的荣华富贵着想，暗中对司礼监太监庞天寿言道：“总理提塘官张应科乃是秦王心腹，我等应早日与其结纳，以为后路。”
庞天寿却是心有疑虑道：“上回在南宁，咱们也曾与曹延生、胡正国二人结拜，可后来的结果兄台你也看到了，此事怕是不妥！”
马吉翔却是笑着摇了摇头：“我看不然，据我这段时间的观察，那张应科见钱眼开，并非铁板一块，只要咱们赠之厚礼，此事可成。”
果然如马吉翔所料，在看过马、庞二人送来的礼单后，张应科顿时笑逐颜开，当场便与二人结拜为了兄弟。
待至礼毕，马吉翔推心置腹地对张应科说道：“秦王功德隆盛，天下臣民无不钦仰。今日天命在秦，不可违也！我等欲劝当今圣上尽快禅位于秦王，劳烦兄弟为我二人传达此意，他日若能荣华富贵，断不敢忘！”
张应科用眼角的余光瞥了眼桌案上的礼单，又见二人言辞恳切，自是满口答应下来。
在托付了张应科后，马吉翔还是不放心，又派人找来郎中古其品，打算让他画一幅“尧舜禅受图”送给孙可望，哪知这古其品对永历帝忠心耿耿，竟当场就表示了拒绝。
马吉翔怀恨在心，遂将此事密报孙可望，孙可望勃然大怒，立刻下令将古其品押解至贵阳，杖毙于秦王宫前广场。
这时，孙可望又接到了张应科送来的引荐信函，他正好也需要有人在永历帝身边充当耳目，于是立刻上书永历帝，表奏马吉翔为文安侯掌戎政事，司礼监太监庞天寿提督勇卫营。
同时又札谕书马、庞二人云：“凡朝廷内外机务，惟执事力为仔肩，若有不法臣工，一听戎政、勇卫两衙门参处，以息其纷嚣。”
面对孙可望的上书，永历帝哪敢有一点反对的意见，毫不犹豫就表示了同意，并按照孙可望的安排给马吉翔和庞天寿二人升了职。
从此以后，但凡是有关于孙可望的提请，二人无不在朝中争相呼应，颇为卖力。
见马、庞二人居然明目张胆的勾结孙可望，内阁首辅吴贞毓自是气愤不已。然而此时，整个永历朝廷的命运全都完全掌控在孙可望手中，他不敢将矛头直指孙可望，只能联合吏科给事中徐极、兵部武选司员外林青阳、主事胡士瑞、职方司主事张镌、工部营缮司员外蔡縯等一干帝党成员前来府中商议应对之策。
待众人聚齐，吴贞毓顾不上寒暄，当即开门见山地说道：“庞天寿、马吉翔二贼当初在肇庆时便怙宠弄权，以致楚、粤不保，銮舆播迁。今日二贼非但不悔其之罪，反倒包藏祸心，称臣于秦贼，使圣上孤立，百官寒心。事已至此，我辈若再畏缩不言，岂不是有负国恩，又有何面目立于朝堂之上？”
众人纷纷点头称是，于是回头各自上疏参劾马吉翔和庞天寿二人的罪状。
永历帝本就对马、庞二人与孙可望勾结之事深感不满，趁此机会他立即召集群臣，欲治二人之罪。马吉翔和庞天寿闻讯惊惧不已，慌忙急入内廷向太后求救。见二人痛哭流涕的模样，太后一时心软，点头答应为他们求情。永历帝不敢违逆太后的意思，此事最终不了了之。
正当安龙朝堂上闹得鸡犬不宁的时候，孙可望在贵阳逐步加快了篡位的步伐，他日夜与心腹谋划永历帝禅位之事，一面令方于宣为其定仪立制，一面把张献忠和自己的祖父的牌位也搬进了太庙，立于明太祖左右，甚至打算改国号为后明。
不久后，孙可望更是得寸进尺，肆无忌惮地将在贵州避难的明朝宗室悉数斩尽杀绝。
噩耗传至安龙，永历帝痛心不已，慑于孙可望的步步紧逼，他愈发感觉事态紧急，遂与中宫张福禄、全为国二人密言道：“秦王待朕，从未有过人臣之礼，如今又有奸臣马吉翔、庞天寿二人为其耳目，朕寝食难安。近日听闻康国公亲领大军直捣楚、粤，俘叛逆陈邦傅父子，精忠报国之名久播中外，将来救朕脱险者，必是康国公矣！听闻康国公与秦王素有旧隙，朕欲密撰一敕，差官密驰入营，令其统率大军速来护驾入卫，不知何人可以信任，为朕密图此事？”