定国回到云南后立即招募新兵三万人，日夜操练兵马，打造兵器盔甲，随时做好北伐准备，又命马兆熙在昆明主持会试。
试毕，诸生聚集于安西王府前拜谢恩典，定国吩咐左右每人赏钱三百串，并当场大声宣布道：“诸位且回家用心读书，静候佳音，不日大军北伐，收复失地，尔等便是父母官了！”
诸生再次谢恩，旋即各自散去。
再说去岁清军兵分两路大举南下，其中尚可喜与耿仲明一路尚未出发便陡生变故，有人控告耿仲明窝藏逃犯，耿仲明竟畏罪自杀。为不影响军心，清廷于是命其子耿继茂继承父爵，代父出征，协助尚可喜攻略广东。
永历四年十一月，广州沦陷，尚可喜与耿继茂屠杀广州军民七十余万。
而孔有德一路，则在湖南与广西交界处的龙虎关与明朝永国公曹志建部展开了拉锯战，双方激战一月有余，明军抵挡不住，连失龙虎关、灌阳、恭城等地，兵马折损过半，曹志建不得不带着残部退入深山之中。
拿下龙虎关后，桂林门户大开，孔有德遂分出一路兵马，取道全州，攻打严关，对桂林形成夹击之势。
不久，全州陷落，严关也随之失守，前线溃退下来的明军，沿途掳掠，桂林城内秩序顿时大乱。
形势危若累卵，然而瞿式耜自忖上次自己力排众议，坚持不退，硬是守住了桂林，这次见城中明军数量还有不少，又有卫国公胡一青、新兴侯赵印选、武陵侯杨国栋、宁远伯王永祚、绥宁伯蒲缨、宁武伯马养麟等一干悍将，于是决定故技重施，据城死守。
为此，瞿式耜一面竭力筹措粮饷，一面鼓励诸将备战。哪曾想，这些养尊处优的公侯伯爵们早已成了惊弓之鸟，根本毫无斗志可言。
十一月初五日，从兴安传来塘报，说清军即将逼近桂林。瞿式耜急令新兴侯赵印选领兵出城，扼险防守，以为桂林屏障。
谁知前两年还在桂林保卫战中奋勇杀敌，屡败清军的赵印选此番见清军势大，不但畏缩不前，还与胡一青、王永祚、蒲缨、杨国栋、马养麟等人密谋，带着部众及家眷，抛下瞿式耜，弃城向西逃窜。
瞿式耜瞬间成了孤家寡人，他不禁气愤至极，捶胸顿足道：“国家把高官厚禄给尔等，百姓拿民脂民膏养尔等，今遂作如此散场乎？可耻！可耻！”
侍从武官见形势愈发危急，连忙备马请瞿式耜出城暂避，并劝说道：“大人乃是国家栋梁，一身关系国家安危，一旦突围出去，仍可号召四方豪杰，卷土重来！况且二公子经历千难万苦，方才从常熟赶来探望大人，只需暂避一时，父子就能团聚了！”
可瞿式耜却是挥手拒绝道：“吾乃留守，今日没能守住桂林，对不起朝廷，对不起陛下，还有何颜面顾及子女？”
言毕，吩咐众人自行逃命，旋即整理好衣冠，端坐于广西巡抚署衙大堂之中。
桂林总督张同敞乃是张居正的曾孙，此时正从灵川返回桂林途中，听逃难的百姓说城里人已走空，只有瞿式耜未曾离开。张同敞素来敬重瞿式耜，当即泅水过江，赶回城中。
见到瞿式耜，张同敞忍不住焦急地问道：“老师，形势危急，您打算怎么办？”
瞿式耜慨然言道：“吾乃留守，誓与此城共存亡！今日为国家而死，死得其所！汝并非留守，为何在此？”
张同敞听罢，心中一凛，当场表态道：“要死一起死！老师，难道您不许学生与您一起殉难么？”
说罢，也不管瞿式耜是否答应，便在一旁太师椅上坐下，两人于是一起饮酒对诗，边笑边哭，直至东方渐白。
天亮后，清军入城。线国安带兵率先冲进广西巡抚署衙，一眼就看见瞿式耜与张同敞二人端坐于太师椅上。
见是两个大官，线国安连忙朝着身后大喊一声道：“弟兄们，把这两个狗官给我捆了！”
几名清兵听到命令，立即冲上前去，瞿式耜却是视死如归，大声回应道：“要杀便杀，不得无礼！吾等在此坐等一夜，用不着捆绑！”
语毕，遂与张同敞昂首阔步，走出了署衙。
孔有德下令将瞿式耜和张同敞囚禁于叠彩山的山洞之中，并派人轮番规劝二人投降。奈何瞿式耜与张同敞一心求死，孔有德不得不降低期望，提出只要他们肯剃发为僧，便能免死，谁知却同样遭到了拒绝，无奈之下，孔有德于是决定亲自前去劝降。
走进牢房，孔有德客客气气地抱拳施礼道：“二位大人，久仰了！正所谓识时务者为俊杰，今明亡清兴乃大势所趋，又何必为那腐朽不堪的明朝白白送命？本王念你二位人才难得，若肯归降我大清，自有享不尽的荣华富贵！”
没等孔有德把话说完，瞿式耜已然愤怒地将话打断，破口大骂道：“狗汉奸！吾宁死千回，亦绝不降于鞑虏！”
孔有德听瞿式耜骂自己汉奸，不禁怒火中烧，但还是装出一副泰然自若的表情，继续劝说道：“瞿大人不必嘴硬，明朝已是穷途末路，只有弃暗投明才是唯一出路！”
瞿式耜冷笑一声，指着牢房墙壁上的绝命诗道：“今日既落入尔等狗贼手中，惟求一死，以谢天下！”
孔有德顺着瞿式耜手指的方向看去，只见牢房墙壁之上书有四行诗句，诗曰：“从容待死与城亡，千古忠臣自永长。三百年来息泽久，头丝犹带满天香。”