孙可望率大军抵达大理，龙在田与许名臣当即大开城门，迎接大西军的到来。孙可望又命刘文秀领兵征讨丽江，连克鹤庆、剑川等城，丽江土司木垚开城献降，滇西北自此平定。
孙可望随即传谕各地土司上缴钱粮、供给人役，哪知谕令一下，各地土司瞬间炸了锅，纷纷抗拒大西军的号令，负险固守，好不容易才稍稍稳定下来的局势又变得混乱起来。孙可望发现自己失策，连忙收回谕令，然而却是收效甚微。
就在孙可望焦头烂额的时候，一个名叫金维新的昆明诸生上书孙可望，曰：“学生昆明生员金维新俯伏拜叩大西国主千岁，今有滇、黔土司，受沐氏恩威三百年，故凡有征调，朝呼夕至，今若早迎沐公回省，与之共事，此方为上策。学生冒昧谏言，望千岁三思，谨此拜表以闻。”
这金维新，字公趾，平日里颇有才学，自诩是诸葛孔明般的人物。先前由于天下大乱，金维新并没有选择出仕，而是隐居于山林中，独善其身。尽管如此，云南的形势金维新却是洞若观火，自从大西军入滇后，他见大西军军力强盛，对百姓更是秋毫无犯，心中颇为欣喜，认为这支军队有别于过去那些腐败的明朝军队，可堪大用，遂起了投效之意。
读罢金维新的上书，孙可望这才猛然醒悟，自己居然把云南最重要的精神领袖黔国公沐天波给忘了！高兴之余，孙可望对金维新此人大为赞赏，更是将这个名字牢牢记在了心里。孙可望于是赶紧传令刘文秀率军赶赴永昌，游说沐天波与大西军合作。
七月，刘文秀抵达永昌城下，随即派遣使者入城，将缴获的沐氏世代相传宝物悉数归还，并以“共扶明室，恢复江山”为词，劝说沐天波与大西军联合，共同剿灭沙定洲残部，抵御清军进犯。
沐天波与沙定洲有着不共戴天之仇，这些年来，沙定洲害得他是家破人亡，流离失所。虽早存恢复之心，却苦于自己实力有限，无法报仇。今日见大西军兵强马壮，刘文秀在书信中言辞态度也是十分诚恳，又想到大明江山倾颓，抗清终乃大局，遂毫不犹豫地答应了。
为表示合作的诚意，沐天波派遣世子沐忠罕代表自己前往大西军中与刘文秀接洽，并发出檄文，责成永昌府推官署金腾道印王运开、通判署府刘廷栋向大西军缴印投降。
不料王运开和刘廷栋二人却是死活不肯归降，竟捶胸顿足，号啕大哭了好一阵子。而后当场撕毁檄令，禁闭府门，拒不奉命。
无奈之下，沐天波只得请出永昌府中大小缙绅数百人前往哀请。哪知王、刘二人已是王八吃秤砣，铁了心，不论大伙怎么劝，皆是不肯答应。消息不胫而走，一时间，城中百姓群情激愤，汹汹咸集于府前，要求他们尽快献印投降。见民心难违，二人走投无路，遂将大印挂于胸前，在府衙大堂上悬梁自尽，大西军旋即占据了永昌。
由于沐家世镇云南，在军卫和土司中享有很高的威望，孙可望因此并没有收缴沐天波那枚世代相传的“征南将军印”，而是让他行文招抚各地土司。
在沐天波的号召下，顺宁、蒙化、金齿等土司皆次第来归，只有东川土司禄万亿和禄万兆兄弟二人尚在观望，不肯投降。
至此，云南十八府，除蒙自、阿迷州、东川以外，尽皆平定，混乱已久的云南局势，终于尘埃落定。
紧接着，孙可望又选派官吏前往各地赴任，并于沿途设置马塘，军中、地方旦有飞报公文，一昼夜便可到达昆明。
大势已定，孙可望于是留下都督王复臣驻守干崖、陇川一带，自率大军携黔国公沐天波以及杨畏知等新附之臣，东返昆明。
回到昆明后，孙可望当即传谕全滇，曰：“孤率三兄弟，统百万貔貅，平定云贵！今建国不建统，纪年不纪号，惟愿与黔国公沐氏携手共扶明后，恢复江山！”
紧接着孙可望又重新任命了内阁及六部各级官员，在安西元帅李定国、抚南元帅刘文秀以下，仍封沐天波为黔国公，提调土汉官兵，加云鹤服色；杨畏知为华英殿大学士兼都察院左都御史；并以严似祖为吏部尚书兼礼部尚书，丁序焜为户部尚书，任僎为兵部尚书，雷跃龙为刑部尚书，王应龙为工部尚书；张虎为锦衣卫指挥使，马兆熙为学院。
同时调整地方各级政权结构，滇黔二省的地方官皆由孙可望亲自委任。鉴于云南初定，大西军另在贵州设立行营，分兵屯驻各地，又收编诸土司之兵数万人，一时间大西军兵马强盛，精锐之兵近二十万。
八月初，孙可望开始在昆明城中营建王府，他命人拆毁呈贡县城砖石以为宫墙，脚宽六尺有余，并僭越使用黄瓦红墙，殿悬五龙，陛雕盘螭。另在宫门外设通政司，立下马牌，置天子仪仗，一切皆参照皇家标准。除此之外，还在城郊建太庙祭祀张献忠，凡有大事必先告之于太庙。
直到这时，沐天波方才发现孙可望根本就没把大明朝廷放在眼中，打的是扶明抗清的旗号，行的却是割据一方之事，与沙定洲相比，竟有过之而不及。无奈黔国公府的实力经过沙定洲之乱，早已不同往日，为了不给自己招惹灾祸，沐天波惟有终日闭门不出，尽量避免与孙可望走得过近，只与杨畏知经常保持书信往来，互相倾诉愁肠。